Les services métiers de la DGEF (Direction de l’asile; Direction de l'accueil, de l'accompagnement des étrangers et de la nationalité ; Direction de l'immigration) ainsi que la Direction de la coopération internationale (DCI), qui dépend de la Direction générale de la police nationale et de la direction générale de la gendarmerie nationale, sont en charge du pilotage stratégique des fonds (définition des objectifs des programmes, avis sur les projets en termes d’éligibilité thématique, évaluation et adéquation des projets avec la politique publique, etc.).
Le Service du pilotage et des systèmes d’information (SPSI) de la DGEF est en charge, à travers le Bureau de la gestion mutualisée des fonds européens (BGMFE), de la gestion administrative et financière des fonds. Ce bureau joue un rôle de « service unique » en centralisant en particulier l’ensemble des tâches de gestion des programmes européens (instruction, conventionnement, contrôle, etc.).
Le Directeur général des étrangers en France est l’autorité responsable pour le FAMI et le FSI. La direction de la coopération internationale assurera la fonction d’autorité déléguée pour le FSI - coopération policière, prévention et répression de la criminalité, et gestion des crises, et, par conséquent, pour ce volet du FSI, sous le pilotage du Directeur général des étrangers en France, l’ensemble des tâches de gestion concernées.
La sélection des projets s’opère au sein de deux instances, qui sont également en charge du pilotage des programmes :
Les comités thématiques sont chargés d’examiner et de procurer un avis sur les projets avant leur passage en comité de programmation, instance décisionnelle. Ces comités se tiennent au moins deux fois par an.